应届毕业生，实习生回学校办毕业手续，要扣钱？

我在一家公司实习，签的是实习协议。
我当时面试的时候就和我的上司说的，我倒是这个时间点肯定是要请假的，因为学校要毕业答辩、拍毕业照、开毕业典礼什么的。后来他还是应聘了我。
然后我现在请假，到发工资的'时候我发现，我一个月请了3天的假，但是我的工资已经变成了当时合约上的一半左右了。
他扣了我的全勤奖和那三天的工资（这个无可厚非，毕竟我请了3天假），但是他另外还扣了就我请假三天（事假）的钱，就是合约工资的20%，这点我就不是很理解了，既然他已经扣了全勤奖了，那他为什么又扣这个合约工资的20%呢？他有权利这么扣么
？